Родился и вырос в семье Виолетты Пригожиной. Его отец рано умер, поэтому мать поддерживала его и его больную бабушку, работая в местной больнице. Его отец и отчим были еврейского происхождения.

В 1977 году окончил спортивную школу-интернат № 62. Занимался лыжными гонками, к которым его приучил отчим - инструктор по лыжному спорту Самуил Жаркой.

29 ноября 1979 г. приговорен к условному сроку за кражу (статья 144 УК РСФСР), а в 1981 году - к 12 годам лишения свободы за разбой и мошенничество (статьи 146 и 147). Освобожден досрочно после 9 лет отбытия наказания.

Завершил обучение в Санкт-Петербургской государственной химико-фармацевтической академии по специальности "провизор-фармацевт".

В 1990 г. организовал в Ленинграде сеть по продаже хот-догов. С 1995 г. открыл несколько магазинов и ресторанов в Санкт-Петербурге.

С 2000-х годов участвует в строительных проектах.

Пригожина называют "поваром Путина" из-за большого бизнеса в сфере питания, который зарабатывает на государственных подрядах.

Фигурант базы данных центра "Миротворец"

ЧВК Вагнер

По утверждению "Фонтанка.ру", связан с руководителем частной военной компании (ЧВК) Вагнера Дмитрием Уткиным, среди окружения которого был обнаружен глава службы безопасности одной из фирм Пригожина.

14 августа 2022 года, после обстрела места базирования ЧВК в Попасной, появилась неподтвержденная информация о ранении Пригожина, которую впоследствии Пригожин опроверг.

14 сентября 2022 года в сети появилось видео из российской исправительной колонии, где человек, названный пресс-службой бизнесмена "чрезвычайно похожим на Пригожина", вербует преступников на войну в Украине в составе группы Вагнера. На следующий день Пригожин подтвердил, что ЧВК воюет на Бахмутском направлении, и заявил, что считает вербовку заключенных средством непривлечения к боевым действиям гражданских россиян.

23 сентября 2022 года (после объявления в России мобилизации) пресс-служба пригожинской компании "Конкорд" сообщила, что, по словам Пригожина, его сын Павел через месяц после прохождения срочной службы поехал на войну в Сирию и с тех пор "постоянно находился и находится в горячих точках в составе ЧВК Вагнера" и награжден "Черным крестом".

24 сентября 2022 года приехал в Волгоград на похороны одного из наемников ЧВК, Алексея Нагина, в музее "Сталинградская" с тремя знаками отличия на груди - героя РФ, ЛНР и ДНР.

26 сентября 2022 года Пригожин признал свою причастность к созданию ЧВК Вагнера: пресс-служба компании "Конкорд" опубликовала его рассказ о создании организации весной 2014 года, "когда начался геноцид русского населения Донбасса". По словам Пригожина, "группа патриотов", которая впоследствии получила название "батальонно-тактическая группа Вагнера", создана 1 мая 2014 года. По словам Пригожина, исключительно благодаря наемникам "Вагнера" был захвачен луганский аэропорт и многие другие территории, "изменилась судьба ЛНР и ДНР"; по утверждению Пригожина, вагнеровцы "защищали сирийский народ, другие народы арабских стран, обездоленных африканцев и латиноамериканцев" - и "стали одной из опор" России.
 

По данным МЧС России Пригожин погиб в авикатастрофе 23 августа 2023 года во время рейса Москва - Санкт-Петербург под селом Куженкино Тверской области России. Сообщается, что все 10 человек (7 пассажиров и 3 члена экипажа), присутствовавших на борту бизнес-самолета Embraer Legacy 600 - погибли. Среди них, по сообщению российского государственного информационного агентства ТАСС, среди пассажиров также числился сам Пригожин.

По сообщениям Telegram-канала, связанном с Евгением Пригожиным, самолет главаря ЧВК "Вагнер" был сбит силами российской противовоздушной обороны над Тверской областью