Народився та виріс у сім'ї Віолетти Пригожиної. Його батько рано помер, тому мати підтримувала його та його хвору бабусю, працюючи в місцевій лікарні. Його батько і вітчим були єврейського походження.

1977 року закінчив спортивну школу-інтернат № 62. Займався лижними перегонами, до яких його привчив вітчим — інструктор з лижного спорту Самуїл Жаркой.

29 листопада 1979 р. засуджений до умовного терміну за крадіжку (стаття 144 КК РРФСР), а в 1981 році — до 12 років позбавлення волі за розбій та шахрайство (статті 146 і 147). Звільнений достроково після 9 років відбуття покарання.

Завершив навчання у Санкт-Петербурзькій державній хіміко-фармацевтичній академії за фахом «провізор-фармацевт».

У 1990 р. організував у Ленінграді мережу з продажу хот-догів. З 1995 р. відкрив декілька магазинів та ресторанів у Санкт-Петербурзі.

З 2000-х років бере участь у будівельних проєктах.

Пригожина називають «кухарем Путіна» через великий бізнес у сфері харчування, який заробляє на державних підрядах.

Фігурант бази даних центру «Миротворець»

ПВК Вагнера

За твердженням «Фонтанка.ру», пов'язаний із керівником приватної військової компанії (ПВК) Вагнера Дмитром Уткіним, серед оточення якого був виявлений голова служби безпеки однієї з фірм Пригожина.

14 серпня 2022 року, після обстрілу місця базування ПВК в Попасній, з'явилася непідтверджена інформація про поранення Пригожина, яку згодом Пригожин заперечив.

14 вересня 2022 року в мережі з'явилося відео із російської виправної колонії, де людина, названа пресслужбою бізнесмена «надзвичайно схожою на Пригожина», вербує злочинців на війну в Україні у складі групи Вагнера. Наступного дня Пригожин підтвердив, що ПВК воює на Бахмутському напрямку, та заявив, що вважає вербування в'язнів засобом незалучення до бойових дій цивільних росіян.

23 вересня 2022 року (після оголошення в Росії мобілізації) пресслужба пригожинської компанії «Конкорд» повідомила, що, за словами Пригожина, його син Павло через місяць після проходження строкової служби поїхав на війну в Сирію і відтоді «постійно перебував і перебуває в гарячих точках у складі ПВК Вагнера» та нагороджений «Чорним хрестом».

24 вересня 2022 року приїхав у Волгоград на поховання одного з найманців ПВК, Олексія Нагіна, в музеї «Сталінградська» з трьома відзнаками на грудях — героя РФ, ЛНР і ДНР.

26 вересня 2022 року Пригожин визнав свою причетність до створення ПВК Вагнера: пресслужба компанії  «Конкорд» опублікувала його розповідь про створення організації навесні 2014 року, «коли почався геноцид російського населення Донбасу». За словами Пригожина, «група патріотів», яка згодом отримала назву «батальйонно-тактична група Вагнера», створена 1 травня 2014 року. За словами Пригожина, виключно завдяки найманцям «Вагнера» було захоплено луганський аеропорт та багато інших територій, «змінилася доля ЛНР та ДНР»; за твердженням Пригожина, вагнерівці «захищали сирійський народ, інші народи арабських країн, знедолених африканців та латиноамериканців» — і «стали однією з опор» Росії.

 

За даними МНС Росії Пригожин загинув в авікатастрофі 23 серпня 2023 року під час рейсу Москва — Санкт-Петербург під селом Куженкіно Тверської області Росії. Повідомляється, що усі 10 осіб (7 пасажирів і 3 члени екіпажу), присутніх на борту бізнес-літака Embraer Legacy 600 — загинули. Серед них, за повідомленням російського державного інформаційного агенства ТАРС, серед пасажирів також числився сам Пригожин.

За повідомленнями Telegram-каналу, пов'язаному з Євгеном Пригожиним, літак ватажка ПВК «Вагнер» був збитий силами російської протиповітряної оборони над Тверською областю